Kostel byl na konci 20. století ve špatném stavebnětechnickém stavu. Potřeboval celkovou údržbu střechy a fasád. Za působení stávajícího děkana farnosti Františka Skřivánka se podařilo získat dotace od Ministerstva kultury, realizovat většinu nezbytných oprav a navrátit tak kostelu jeho původní reprezentativní vzhled. „Národní památkový ústav několikrát doporučil Ministerstvu kultury pokračovat v poskytování příspěvku z Programu záchrany architektonického dědictví na obnovu kostela sv. Františka Serafínského v Golčově Jeníkově. Pracovníci památkové péče také po celou dobu obnovy prováděli odborný dohled,“ konstatuje vedoucí odboru péče o památkový fond územního odborného pracoviště Národního památkového ústavu v Telči Jana Musilová. Práce zahrnovaly opravu střechy s pálenými taškami, opravu omítek takzvané Kaštanky – vnitřních stěn dvorku a ohradních zdí průčelí, opravu brány a zrestaurování pískovcové sochy Madony a Santa Casa na bráně.

Celková obnova pláště kostela vyvrcholila v roce 2015. Při opravě západního průčelí kostela byly především zachráněny a na místě restaurovány i značně poškozené kamenné sochy sv. Františka Xaverského a sv. Aloise. Kostel sv. Františka Serafínského tak opět vytváří reprezentativní podobu architektonicky slohově rozmanitého poutního areálu v Golčově Jeníkově.

Bližší informace k historii kostela i jeho rehabilitaci naleznete na stránkách NÁRODNÍHO PAMÁTKOVÉHO ÚSTAVU.