Tou bezesporu nejoceňovanější je budova makromolekulárního ústavu Akademie věd na Petřinách, která byla v roce 2000 prohlášena za kulturní památku. Další jeho pražské realizace už tak jednoznačně přijímány nejsou. Někdo je nenávidí a někdo je jimi okouzlen, ať jde například o budovu někdejšího Federálního shromáždění, Novou scénu Národního divadla či Komerční banku na Smíchově ve tvaru komolého jehlanu.

Architekt Prager se rovněž podílel na rekonstrukci Rudolfina a řady dalších staveb. Mezi jeho poslední práce patří obytný soubor U Kříže v Jinonicích, který byl v roce 1999 oceněn titulem stavba roku. Architekt, proslulý nesmírnou životní vitalitou a neskutečným zaujetím pro zakázku, zemřel v nedožitých 78 letech 31. května 2001. Nedlouho před svou smrtí obdržel cenu Obce architektů za celoživotní dílo.