Exponovaná církevní stavba vizuálně otevírá cestu do historického centra města z jihovýchodu a představuje neoddělitelný tvaroslovný prvek této městské části. V současnosti sousedí s Biskupským gymnáziem J. N. Neumanna. Kostel je součástí areálu bývalého klášterního komplexu Kongregace Milosrdných sester sv. Karla Boromejského, v němž se nacházel také sirotčinec. Představuje cenného zástupce novogotické architektury s nástěnnými malbami s rostlinnými a geometrickými motivy vycházejícími z beuronského stylu. Autorem této interiérové výzdoby z roku 1928 byl malíř Tomáš Peterka z Týna nad Vltavou. Návrh prohlášení kulturní památkou podpořil kromě jiných institucí Národní památkový ústav v Českých Budějovicích.

Kostel sv. Rodiny je jednolodní stavbou s netypicky řešeným vstupním průčelím s předsunutou předsíní a asymetricky umístěnou zvonicí. Jeho autorem včetně původních interiérů byl Félix Béthune, často uváděný pod svým řehohlním křestním jménem Ghislain. Prostory sloužily od roku 1968 jako archivní sklad Ministerstva vnitra, původní vybavení se nezachovalo. V roce 2007 bylo realizováno venkovní osvětlení a o čtyři roky později vznikl projekt rekonstrukce od architekta Josefa Pleskota. Hlavním cílem stavebních úprav bylo umožnit studentům sousedícího Biskupského gymnázia užívat prostor pro mše a nejrůznější školní akce.

V roce 2013 byl chrám převeden zpět na Děkanství svatého Mikuláše. Přes náročnou obnovu zahrnující repasi oken, realizaci podlahových vrstev a provedení nových sítí byl plnohodnotně zachován sakrální ráz stavby. Nově bylo vytvořeno osvětlení a ozvučení. Od konce roku 2014 je kostel otevřen veřejnosti pro bohoslužebné účely i pro ostatní vzdělávací a kulturní akce.

Podrobnosti o stavbě naleznete v rámci PAMÁTKOVÉHO KATALOGU NÁRODNÍHO PAMÁTKOVÉHO ÚSTAVU.