Realizaci stavby chrámu dle návrhu pražského architekta Václava Pilce provedl architekt Staněk z Trhových Svinů. Celkové náklady na vybudování svatostánku se tehdy vyšplhaly na 350 tisíc korun. Ke konci druhé světové války byl však objekt poškozen vlivem spojeneckého bombardování tamního nádraží. Vitrážové okno s vyobrazením Anežky České však zůstalo nepoškozeno. Po náletu byl kostel využit jako shromaždiště těl obětí náletu, kterých bylo odhadem až 1 500. Samotné bombardování zničilo polovinu města. Oprava škod kostela se pak uskutečnila v letech 1945–1947. Po dlouhých desetiletích byla v roce 2014 dokončena výměna střechy a pláště.

Patronát nad chrámem při jeho vzniku převzal tehdejší českobudějovický biskup Šimon Bárta. Nekanonizovaným světcům se kostely v té době nezasvěcovaly, a tak musel biskup Bárta získat zvláštní povolení od papeže Pia XI. k zasvěcení kostela tehdy jen blahoslavené Anežce (Anežka Česká byla svatořečena 12. listopadu 1989 papežem Janem Pavlem II.). Kostel v Českých Velenicích je tak první na světě, který je zasvěcený této patronce českých zemí. Snahu o jeho postavení v této oblasti lze vysledovat již do roku 1889, kdy byl katolíky z České Cejle, Dolních Velenic a Josefska založen Kostelní spolek. Samostatná česká duchovní správa vznikla v roce 1921. Do diecéze českobudějovické přešly České Velenice z diecéze St. Pölten až roku 1937.

Památková hodnota objektu
Kostel sv. Anežky České je důležitou dochovanou připomínkou rozvoje nového města České Velenice v meziválečném období. Stavba kombinuje historizující odkazy s tehdy aktuálními moderními materiály a stavebními postupy. Zároveň je příkladem tradiční stavby v moderním pojetí. Vyniká nejen svou urbanistickou a historickou stránkou, ale i uměleckořemeslným provedením a autenticky dochovanými konstrukcemi i detaily v podobě omítek, dlažeb, krovu, obkladů exteriéru, výplně otvorů včetně kování a zasklení.

Bližší informace o kostele sv. Anežky České naleznete v PAMÁTKOVÉM KATALOGU NÁRODNÍHO PAMÁTKOVÉHO ÚSTAVU.